Das südliche Salzburger Becken war nach dem Rückzugsbefehl König Odoakers (488) und im Zuge der bayrischen Besiedelung im 6. / 7. Jahrhundert ein relativ geschlossener Siedlungsraum der keltoromanischen Bevölkerung - darauf deutet neben schriftlichen Quellen die auffallende Dichte romanischer und vorromanischer Ortsnamen in diesem Gebiet hin.
Hierzu gehört auch der vom romanischen "vicone" (=Großdorf) herleitbare Name Vigaun. Die frühesten schriftlichen Nennungen sowohl des Ortes als auch einer Kirche stammen aus dem 8. Jahrhundert: zum einen scheint im Jahr 790 als ältestes Salzburger Güterverzeichnis angelegten Notitiae Arnonis unter den Kirchen des Salzburger Bischofs auch jene in Vigaun ("ad Fuginas") auf, zum anderen lässt die Erwähnung in den Breves Notitiae von 798 darauf schließen, dass der Ort schon unter dem Bayernherzog Odilo bestanden hat, wobei sich diese erste Nennung nach Heinz Dopsch auf den Zeitraum zwischen 741/43 bis 748 eingrenzen lässt.
An eine frühe Kultstätte mag vielleicht noch das sogenannte Bruderloch an den Südwestabhängen des Vigauner Riedels erinnern. Diese in den letzten Jahren wiederhergestellte und mit frommen Bildern geschmückte Höhlenkapelle wurde 1556 erstmal urkundlich erwähnt und später angeblich von sieben Brüdern bewohnt.
Die nächste gesicherte Erwähnung des Ortes stammt dann erst aus dem Jahr 1117, als die Zuweisung Vigauns unter die Grundherrschaft des Salzburger Benediktinerinnenstiftes Nonnberg festgelegt wurde. An diese bis 1848 währende Zugehörigkeit erinnern auch die 3 Kugeln im Vigauner Gemeindewappen. Spätestens ab dem Jahr 1444 ist dann die gemeinsame Existenz der beiden heutigen Dorfkirchen St. Dionysius und St. Margarethen als Filialen der Mutterpfarre Kuchl schriftlich gesichert. Erst im Jahr 1716 erhielt Vigaun mit der Vikariatserhebung einen ständigen Geistlichen. Im Zuge der wachsenden Bedeutung des Ortes im 19. Jahrhundert wurde Vigaun 1858 schließlich zur selbständigen Pfarre erhoben.