Urkundlich erstmals im Jahr 1444 erwähnt, wird dieser Ortsteil heute nach der Kirche benannt. Früher hieß er Baumhofen, seit 1437 Pabenhofen. Der in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts erfolgte Neubau des Gotteshauses erklärt sich nicht nur aus edlem Spendergeist, sondern wird vor allem durch die Zugkraft der damals hochverehrten Bauernpatronin, der heiligen Margareta, verständlich. Die Kirche war, im Vergleich zur Vigauner Pfarrkirche, in der die männlichen Heiligen des bäuerlichen Gemeinwohls verehrt wurden, gleichsam deren frauliche Ergänzung: Es war das Heiligtum der weiblichen Nothelfer des Bauernstandes.
Der Legende nach soll das Kirchlein von einer reichen Weißwarenhändlers Witwe aus Hallein erbaut worden sein. Sie hätte demnach den Bau "verlobt", nachdem Ihr Schiff, das mit einer wichtigen Fracht beladen war, aus dem Orient glücklich den Hafen Venedig erreicht hatte. Tatsächlich dürften beträchtliche finanzielle Mittel für den kostspieligen, reich mit Marmor ausgestatteten Bau geflossen sein, die eine arme Landgemeinde wie Vigaun zur damaligen Zeit nicht hätte aufbringen können.
Bis ins 17. Jahrhundert barg die Kirche eine der ältesten Kalksteinstatuen Salzburgs: die um 1400 entstandene Figur der hl. Margareta (später in Verwahrung, 1930 vom Land Salzburg angekauft). Abgesehen von diesem ursprünglichen Kultgegenstand zeugen heute noch zahlreiche Votivbilder von der einst lebhaften, wallfahrtsmäßigen Verehrung der hl. Margareta an dieser Stelle, die vor allem als Schutzpatronin gegen Ungeziefer (Engerlinge und Insekten) angerufen wurde.